Le groupe ne va plus réaliser de nouvel album avant 2004. Le label Reprise fait patienter les fans en publiant, successivement, une compilation des plus grands succès du groupe, puis un disque de faces B. Mais Green Day conserve un noyau dur de fans et tourne toujours. On les retrouve notamment avec Blink-182 sur le Pop Disaster Tour.

Cette période de mise en retrait de Green Day leur permet de démarrer incognito un projet parallèle sous le nom de The Network. Ils apparaissent masqués sur scène, la voix de Billie Joe est retravaillée, mais leur identité ne fait aucun doute.

Ils vont jusqu’à faire la première partie de Green Day avec ce groupe parallèle. Sous cette dénomination, sort en 2003, un album aux sonorités électroniques intitulé Money Money 2020.

Après plusieurs enregistrements inachevés, le groupe parvient enfin à finaliser son nouvel opus. En 2004 Green Day fait paraître American Idiot. Ce concept album, au travers du parcours de Jesus Of Suburbia, décrit les travers de la société américaine et de son gouvernement.

Cet opéra rock va permettre au groupe de renouer à nouveau avec le succès. S’il a perdu une partie de ses aficionados punk, l’album lui permet de conquérir un nouveau public. Les singles « American Idiot », « Boulevard of Broken Dreams » et « Holiday » atteindront la première place des charts.

En 2005, il remporte 7 MTV Music Awards ainsi qu’un Grammy Awards dans la catégorie « meilleur album rock de l’année ». Au total 10 millions de copies de l’album vont se vendre à travers le monde.

Depuis la parution d’American Idiot les fans attendent avec impatience la sortie d’un nouvel album. Ils peuvent toutefois patienter avec un nouveau projet parallèle. Dans un mail adressé à MTV, début avril 2008, les membres de Green Day ont avoué être derrière les Foxboro Hot Tubs, une formation Garage rock qui se produit en Californie depuis fin 2007.

En 2008 le groupe travaille avec Butch Vig, le producteur du mythique Nevermind de Nirvana pour un nouvel album sous influences conjointes de The Beatles, de The Clash, et de John Lennon. Plusieurs fois repoussé, l’album 21st Century Breakdown est finalement sorti au printemps suivi du très bon 21 Guns.

En 1994, lors de la sortie de Dookie le New York Time faisait remarquer que « jamais l’apathie n’avait paru si passionnée » qu’avec Green Day. Depuis lors, le groupe a su évoluer mais aussi se ressourcer dans des projets parallèles pour évacuer la pression du public et du succès.

Le CD se vend à 215.000 exemplaires en à peine trois jours, un véritable succès commercial, et est certifié disque d’or et de platine dans 14 pays. Le groupe entame ensuite une tournée mondiale qui s’étend sur trois ans.

En 2009, on apprend que Green Day prévoit de créer son propre jeu vidéo, ’’Green Day: Rock Band’’, à l’instar des Beatles. Cette même année, ’’American Idiot’’ est adapté en comédie musicale. Un documentaire retraçant cette mise en scène est prévu pour plus tard. Le trio offre ses services aux membres du casting l’année suivante pour l’enregistrement de la bande-originale qui comporte un nouveau titre, ’’When It’s Time’’, publié ensuite sur iTunes.

En 2011, alors que le groupe annonce qu’il travaille sur un nouveau projet, le CD/DVD Blu-Ray live ’’Awesome as Fuck’’ est mis en vente. Par la suite, Green Day donne quelques concerts secrets dont la set-list est principalement composée de titres inédits. Et c’est un an plus tard, à l’automne et à l’hiver, que les membres publient pas un mais trois nouveaux albums intitulés ’’¡Uno !’’, ‘’¡Dos !’’ et ’’¡Tré !’’. Le making of de cette trilogie, ’’¡Cuatro!’’, sort en avril 2013.

Mais lors d’un festival à Los Angeles juste avant la sortie du premier volume, Billie Joe Armstrong fait un esclandre sur scène, effet manifeste d'un train de vie excessif. Peu de temps après, on apprend qu'il rentre en cure de désintoxication. Le départ pour la tournée ’’99 Revolutions’’ est alors repoussée à mars 2013 et le groupe passe par chez nous au Werchter Festival. Fin de cette même année, le chanteur fait appel à Norah Jones pour la réalisation de ''Foreverly'', un album hommage aux Everly Brothers.

En 2014, Green Day repart sur les routes à l’occasion du 20ème anniversaire de son troisième album, ’’Dookie’’, qui avait réellement lancé la carrière de la formation punk rock.